股票期权制度存在以下几个主要缺陷：

1. 不公平性：股票期权通常被公司分配给高管和关键员工，而普通员工往往无法获得这种福利。这导致了不公平的情况，高管和关键员工能够通过股票期权获得更多的财富增值机会，而普通员工无法分享这种机会。

2. 激励效果不明显：股票期权的初衷是为了激励员工为公司创造更大的价值，但是实际效果并不尽如人意。有些员工可能会通过不正当手段来获取更多的股票期权，而且股票期权的激励效果并不总是能够有效地提高员工的绩效和工作动力。

3. 风险过大：股票期权是一种高风险的投资工具，股价波动可能会导致员工的股票期权价值大幅下跌甚至归零。如果公司业绩不佳或者股价大幅下跌，员工可能会遭受巨大的损失，甚至可能因此陷入财务困境。

4. 缺乏流动性：股票期权通常需要一定的持有期限才能行使，而且行使后还需要等到股票解锁才能变现。这导致了股票期权的流动性较差，员工无法随时将其变现，造成了一定的资金压力。

综上所述，股票期权制度存在着不公平性、激励效果不明显、风险过大和缺乏流动性等多个缺陷，需要公司和监管部门进一步完善和改进。