方正证停牌的原因可能包括公司内部重大事项需要进行调查或者公司正在进行重大资产重组、重大合作协议或者其他重大事务等。停牌是为了确保市场秩序稳定和公平，同时给投资者提供更充分的信息和保障。停牌期间，公司会发布公告或者通知，说明停牌原因和预计恢复交易的时间。投资者应该密切关注公司的公告，以便及时了解相关信息。